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pydicom 1.0 のインストール。

Python

pydicom 1.0.0a1 を github から DL してインストールするまでの記録です。

a というのは α 版 ということのようです。

「α版」が何を意味するかは、以下のWikipediaを御覧ください。

アルファ版 - Wikipedia

したがって、普通の人はインストールすべきでないでしょう。

 

pip でインストールする場合、 安定版である、0.9.9 がインストールされます。

Python 3 + Pydicom 0.9 を使用しているブログを見た記憶があるので、(公式には pydicom のサポートは python 2系に限られるにも関わらず)まずは pydicom 0.9.9 を使うのが良いと思います。

 

 

・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

 

pydicom 1.0が出てました。

pydicom documentation — pydicom 1.0a documentation

 

公式ドキュメントも!

https://media.readthedocs.org/pdf/pydicom/latest/pydicom.pdf

発行日:Jan 27, 2017!!

 

できたてホヤホヤ!!

 

 

"""1.3.1 Prerequisites
python 2.6, 2.7, 3.3 or later"""

 

 

python 3.3 or later !!! 

 

 

pydicom 0.9.9では、python 2系にしか対応していなかったのですが。

xd-lab.net

# 約1年前の記事。この時点で Python 2.7 にも

 対応していなかったという。。

# 急ピッチで開発が続いていることが分かります。

 

 

1.0で3系にも対応した様子。

python3 しか知らない私は、ようやく使える(かもしれない)。。。

 

 

 

 

 

 

Deep neural network は python で構築する予定。

Preparation, neural network, post-processing 全てを python 上で実装できれば。

ただし pydicom は、「jpeg などで圧縮された画像は上手く扱えない」とある。

 

公式ドキュメント

"""One limitation of pydicom: compressed pixel data (e.g. JPEG) cannot be altered in an intelligent way as it can be for uncompressed pixels"""

 

Dicom 画像も jpeg2000 で圧縮されていたりするので、結局 DCMTK

dicom.offis.de

を使う必要があるかもしれないが・・・

 

(前処理をどうするかは議論のある所でしょうね。)

(幾つかアイデアはありますが、どうすれば実装できるのか・・・?)

 

 

 

 

 

 

早速インストールしてみます。

 

Win10 PC

管理者権限でコマンドプロンプト

 

>pip install pydicom

 

//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////

Collecting pydicom
Downloading pydicom-0.9.9.tar.gz (422kB)
100% |################################| 430kB 1.3MB/s

////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// 

 

ん・・・ 0.9.9 だと・・・?

 

>pip install -U pydicom #アップデートする

>pip freeze

 

//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////

...

...

...

pycurl==7.43.0
pydicom==0.9.9
pyflakes==1.3.0

...

...

...

//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////

 

pydicom==0.9.9 !!!

 

フム・・・

 

 

 

> python

 

//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////

Python 3.5.2 |Anaconda custom (64-bit)| (default, Jul 5 2016, 11:41:13) [MSC v.1900 64 bit (AMD64)] on win32
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.

//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////

 

>>>  import pydicom  

# pydicom 1.0 なら、これでインポートできるはず。

 

//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////

Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
ImportError: No module named 'pydicom'

//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////

# エラー!!

 

>>> import dicom  

# pydicom 0.9 なら、これでインポートできるはず。

 

>>> 

 

# エラーが出ない!!! oh...0.9.9!!!

# 他のインストール方法でなんとかならないか。

 

> pip uninstall pydicom

> y

 

//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////

Successfully uninstalled pydicom-0.9.9

//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////

 

というわけで、pip でインストール出来ないので、他の方法を使います。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

・・・しばらく ネットの海を漂流・・・

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

githubからダウンロードできそうです。

https://github.com/darcymason/pydicom/archive/master.zip

バージョン書いてないのが気になりますが・・・

公式ドキュメント通りにインストールしてみます。

 

zipファイルを解凍

管理者権限でコマンドプロンプト

cd/dir を駆使して展開したフォルダに移動。

 

> dir

setup.py

を確認。さて。

 

> python setup.py install

//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////

...

...

Installed c:\program files\anaconda3\lib\site-packages\pydicom-1.0.0a1-py3.5.egg
Processing dependencies for pydicom==1.0.0a1
Finished processing dependencies for pydicom==1.0.0a1

//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////

 

 

おぉ!!

 

インストールできてしまった。

 

念のため

> pip freeze

 

//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////

...

...

...

pycurl==7.43.0
pydicom==1.0.0a1
pyflakes==1.3.0

...

...

...

//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////

 

おぉ!!

pip で認識されているみたいなので、いざとなったら pip でアンインストールもできる(といいなぁ)

 

 

さて、いざ。

 

> python

>>> import pydicom   # 1.0 ならエラーが出ない

>>>

 

# エラーが出ない!!

 

 

幸せ・・・。

お疲れ様でした。