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AFNI を Windows10 にインストールする。

Win10/Bash 日記

AFNI を Windows 10 にインストールできました。以前は一部パッケージがインストールできませんでしたが、ようやく解消。

備忘録も兼ねて記載します。

pmonty.hatenablog.com

Bash on Ubuntu on Windows を使わず、Cygwin を使っていれば、とっくにインストールできていたのかもしれませんが・・・ Cygwin を使ったことがないため、ご存じの方がいたら教えてください。 

 

 

afni は強力な画像解析ソフトウェア。

ROI/VOI 書きや pixel-by-pixel の信号強度取得、複数画像の registration、複数画像の計算(add/subなど)、gaussianフィルター、その他、様々な機能を有しており、医用画像解析に極めて有用です。

 

なお、もともとは fMRI 解析ソフト。

 

インストール方法はこちら。

1.1.2. The essential system setup for: Ubuntu Linux — AFNI, SUMA and FATCAT: v16.3.09

Ubuntu14 ではコピペでインストール可能ですが、Bash on Ubuntu on Windows では、コピペするだけではエラーが出てしまいます(ちなみに、Ubuntu16 へのインストールを試したところ、一部エラーがでましたので、まだ version 14 を使う方が)。

 

注意点は

 ※Windows10にインストールされる bash は、Ubuntu 14 版

 ※tcsh がインストール出来ないので、zsh で代用する。

です。

 

まず、必要なソフトをインストールします。tcshがインストール出来ないので、代わりに zsh をインストールします。

 

sudo apt-get install -y zsh libxp6 xfonts-base python-qt4             
                        libmotif4 libmotif-dev motif-clients           
                        gsl-bin netpbm gnome-tweak-tool libjpeg62
sudo apt-get update

 

また、次のページを参考に、Xming をインストールします。

www.nemotos.net

上記のページでは、FSL のインストール手順が詳細に解説されています。FSL も使う可能性があるので、上記ページに従ってインストールしておくと良いです。

ちなみに、今後、Bash on Ubuntu on Windows のアップグレード(Ubuntu 14 から 16 へ)が予定されています。 Ubuntu 16 にインストールする場合は libmotif4 がインストールできません。代わりに libmotif-common でもインストールしておけばうまくいくだろうと思います。

 

sudo apt-get install -y zsh xfonts-base python-qt4                    \
                        libmotif-common libmotif-dev motif-clients           \
                        gsl-bin netpbm gnome-tweak-tool libjpeg62
sudo apt-get update
sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgsl.so /usr/lib/libgsl.so.0
sudo dpkg -i http://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/main/libx/libxp/libxp6_1.0.2-2_amd64.deb
sudo apt-get install -f

 

次に、AFNI をインストールします。tcsh を使えないので、代わりに zsh を使います。

zsh @update.afni.binaries -package linux_openmp_64 -do_extras

ここでリブートが必要ですが、rebootコマンドを受け付けてくれないので、exitで代用します。

exit
# bash からログアウトします。
exit
# コマンドプロンプトからログアウトします。

[Windowsキー]+x, c
# コマンドプロンプトを起動します。
bash
# Bash on Ubuntu on Windows を起動します。

次に R のインストールです。tcshzsh に変えます。

export R_LIBS=$HOME/R
mkdir $R_LIBS
echo 'export R_LIBS=$HOME/R' >> ~/.bashrc
curl -O https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/src/scripts_src/@add_rcran_ubuntu.tcsh
sudo zsh @add_rcran_ubuntu.tcsh
rPkgsInstall -pkgs ALL

しかし、インストール出来ませんでしたので、

sudo apt-get update
rPkgsInstall - pkgs ALL
試したところ、無事インストールできました(何が問題だったのか分かりません)。

 

AFNI、SUMA のプロファイルをインストールします。

cp $HOME/abin/AFNI.afnirc $HOME/.afnirc
suma -update_env

 

なお、Ubuntu 16 では、libxp6がインストールされていないため、suma~ のコマンドでエラーが出ます。このため、libxpをインストールしておきます。

Ubuntu – パッケージのダウンロードに関する選択 -- libxp6_1.0.2-1ubuntu1_amd64.deb

からダウンロード。

cd

cd /Downloads

sudo dpkg -i libxp6 [Tabキー]

にてインストール

その後、

suma -update_env

にてsumaプロファイルをインストールします。

 

 

最後に、無事にインストールできているかシステムチェックをします。

afni_system_check.py -check_all

注意点ですが、このシステムチェックは python 2 系を使用しています(デフォルトでインストールされています)。もし bashpython 3系 をインストールしていますと、このスクリプトは走りません。

 

上記方法で、Ubuntu 16 で AFNI は一応動きはしますが、一部のパッケージ(3dSkullStripなど)のインストールには失敗してしまいます。

私も試行錯誤中ですので、エラーが出なくなったらご報告いたします。

 

python 3 をインストールしていたら、どうすればいいでしょうか?

スクリプトをちょこっと書き換えれば、走ります。

方法は以下の通り。

 

 nano ~/abin/afni_system_check.py

とすると、エディターが立ち上がりますので、一行目の

#!/usr/bin/env python

#!/usr/bin/env python2

に書き換えます。

そして Ctrl + X → Y → Enter

と押して上書き保存します。

 

なお、bash 初期化ついて。

問題が起きた時は初期化して、再インストールが確実です。

「プログラムの追加と削除」からアンインストールすると不具合が出て bash が使えなくなるという報告がありますので、コマンドプロンプトから行ってください。

blog.sfpgmr.net

アンインストールと再インストールは、コマンドプロンプトから。詳しくは下記サイト。

www.atmarkit.co.jp

 

以上です。

 

・・・・・・・

追記

 

来春の Windows 10 のアップデートで、Bash on Ubuntu on Windows が 16.04.1 にアップグレードされるようです。 

qiita.com

えぇぇぇぇぇぇ・・・・

14 は LTS で、まだサポート中じゃないですか・・・

 

や め て く れ ・・・